Passei mais tempo do que pretendido naquele. Meu script de teste que leva dois minutos para ser executado (muito além do meu procedimento normal de reinicialização) é capaz de parar o desligamento e gravar dados na saída sem problemas. Além disso, teoricamente falando, deve não ser problema com sua configuração. Os scripts são executados sequencialmente, seu script está no início da sequência em rc0.d, ele deve ser executado conforme o esperado.
A única coisa em que consigo pensar é que o seu script sai antes de um processo chamado a partir do script terminar. Você deve executar sua configuração com um script de teste. E você deve verificar seu script (ou postá-lo aqui). Pozdrawiam!