Primeiro clone que você tem em algum lugar, preferivelmente em outro drive USB do mesmo tamanho. Então você tem que fazer um de seus drives USB inicializável, que irá apagá-lo completamente, mas irá adicionar um MBR (Master Boot Record), se você não tiver feito isso já. Na maioria das vezes, quando você compra um drive USB, ele é formatado em fábrica como um FDD, o que você quer é um drive USB formatado como HDD, então aqui está um link rápido para fazer isso, o bootsect.exe deve estar em seu diretório de backup que você acabou de colocar em sua unidade.