Em novas linhas Unix são "\ n" e sob a janela são "\ r \ n" para convertê-los você precisa substituir "\ r \ n" com "\ n", ou apenas se livrar de todos os "se você usa o notepad ++, ele pode fazer a conversão para você, e também qualquer coisa com localizar e substituir deve funcionar.
\ n = nova linha
\ r = retorno de carro
Google "Endings de linha Unix" para mais informações.