Você pode desativar a inicialização automática do driver Apple HFS ("AppleHFS") para que as partições HFS (unidades) não apareçam no Windows.
Eu recomendo usar o Process Hacker para isso.
Eu recomendaria criar uma partição FAT32 e, em seguida, criar um contêiner criptografado com TrueCrypt (100 GB, por exemplo), formatá-lo como FAT32 e poder acessá-lo no mac e no Windows (depois de inserir a senha).