Se os aplicativos forem executados como usuários diferentes (executados como administrador, por exemplo), você poderá encontrar esse problema. Além disso, executar um programa como o usuário atual, mas com a elevação do UAC, pode causar o mesmo comportamento.
Eu me deparei com o mesmo problema com o Skype, que precisava ser executado como administrador para trabalhar com um botão de resposta de chamada de hardware em um fone de ouvido (por meio de um driver intermediário e aplicativo executado com privilégios de administrador). Depois que o Skype foi executado como administrador, a funcionalidade do fone de ouvido foi ativada, mas perdi a capacidade de arrastar e soltar do explorador.
Veja também Arraste e solte Arquivo no aplicativo em execução como administrador