Se eu entendi que você pergunta corretamente, você quer que os usuários possam usar uma pasta para trocar arquivos. Você precisará primeiro desabilitar o compartilhamento de arquivos nas estações de trabalho dos usuários. Isso pode ser feito configurando uma Política de Grupo no controlador de domínio. Navegar para Configuração do usuário - > Políticas - > Modelos Administrativos - > Componentes do Windows Expanda Componentes do Windows, procure por Network Sharing.
Veja como fazer isso: configuração do GPO
Os usuários agora não podem compartilhar pastas em suas estações de trabalho. Eles só podem usar a pasta compartilhada que você criou para eles, usando o Total Commander ou o Windows Explorer.