Ao copiar arquivos grandes e pequenos, o Windows lê o arquivo na RAM (memória), enquanto o copia para o novo destino, ele libera continuamente a memória. A taxa na qual esta memória é liberada depende de quão rápido o Windows pode gravar no armazenamento dos destinos.
Evidentemente, há algum tipo de corrupção no arquivo, de modo que o Windows simplesmente o carregou na memória e não pôde fazer nada com ele até que você tenha desconectado seu HDD externo. Ao desconectar seu HDD, o Windows basicamente diz "bem, eu não me importo mais com esse arquivo, você pode ter sua memória de volta"