Sugiro que você use o ImageMagick se precisar de uma conversão em lote de ou para o formato DDS. A versão mais recente (atualmente é 6.8.7-4) suporta o formato DDS para leitura e gravação (sse aqui ).
A sintaxe é muito simples, você pode converter um arquivo de uma só vez:
convert myfile.png myfile.dds
Ou você pode converter todos os arquivos com um único comando (assumindo que seus arquivos são png, por exemplo):
mogrify -format dds *.png