Supondo que o novo arquivo "modified.txt" esteja em um local diferente, chame-o de "d: \ new \ modified.txt", então o seguinte funcionará na linha de comando:
for /f "delims=" %F in ('dir /b /s /a-d "d:\txt\modified.txt"') do copy "d:\new\modified.txt" "%%~dpF"
Duplique as porcentagens se você usá-lo em um script em lote.