(melhor tarde do que nunca ...)
Para instalar toda a biblioteca necessária para um programa monodevelop em uma máquina de destino (não na máquina de desenvolvimento), tudo que você precisa é instalar o mono-completo na máquina de destino:
sudo apt-get install mono-complete
Se você quiser ter certeza de que o clique duplo no arquivo '.exe' será iniciado usando o muno-runtime (ou seja, como qualquer outro programa nativo) você pode precisar instalar o ubuntu-tweak e make do que mudar em Admin. > Tipos de arquivo - > DOS / Exe