De acordo com este artigo da Base de Dados de Conhecimento da Microsoft, ele só impede que Autochk.exe inclua a unidade em chkdsk /f durante o start-up.
Toda vez que o Windows é reiniciado, Autochk.exe é chamado pelo Kernel para verificar todos os volumes para verificar se o bit sujo do volume está configurado. Se o bit sujo estiver definido, o autochk executa um chkdsk /f imediato nesse volume.
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Os comandos chkntfs / x não são cumulativos, o comando sobrescreve quaisquer exclusões de unidades anteriores que foram estabelecidas. No exemplo acima, o chkntfs apenas desabilita a verificação do chkdsk nas unidades D e E, a unidade C não é verificada quanto à presença de um bit sujo.
Portanto, não deve impedir que o bit sujo seja definido quando houver algum problema. No entanto, você deve verificar a unidade regularmente para esse bit sujo, se você excluí-lo, porque você não recebe mais um aviso na inicialização.