Como instalar manualmente o software sem interromper o APT?

Question

Eu preciso do automake-1.12.2, no entanto, o automake mais recente no meu apt-get é 1.11.x. Eu baixei e compilei o automake mais recente. Como faço para instalá-lo sem interromper a instalação atual e bagunçar o APT?

Estou usando o Debian 7 estável.