No Windows 7 e superior, certas pastas são protegidas por padrão. Meu entendimento é que isso é por razões de segurança. ie. Isso torna mais difícil para o programa A modificar secretamente uma dll usada pelo programa B.
Freqüentemente, descobri que, se clicar com o botão direito do mouse no programa em questão e executar "como administrador", ele funcionará muito bem. Não tenho certeza se isso funcionaria no seu caso.