A opção mais simples seria modificar seu script para verificar se há carga de E / S e só executá-lo se estiver abaixo de um limite. Use algo como iostat
e adicione um cheque em seu script que só será executado se a E / S estiver abaixo de X Você pode então deixar o cron
como está, pois o próprio script lidará com a verificação da carga.