A primeira possibilidade é tornar o usb somente leitura. Mas os arquivos ainda serão apagados quando o dispositivo USB for formatado:
Log on with your Windows administrator account. You will only be able to make a storage device or any file read-only if you have administrative privileges.
Connect the USB drive into the USB port on the side or back of your laptop or desktop computer.
Click "Start" and double-click on the "Computer" icon.
Right-click on the USB drive and select the "Properties" option from the drop-down menu.
Click on the "Security" tab and select the "Edit" option. Find the section "Write Attributes" and place a check mark next to the "Read-Only" option.
Click on the "Apply" or "OK" button in the bottom right corner of the "Properties" window to save all your changes and make the USB drive have read-only attributes.
A segunda possibilidade é criar uma partição oculta, que permanece, mesmo depois que o dispositivo foi formatado: Como criar uma partição oculta com o FbInst