Tente usar fdupes :
brew install fdupes
fdupes -rn .
-r desce para os subdiretórios recursivamente e -n ignora os arquivos vazios. Adicione -d para ser perguntado para quais arquivos manter, ou adicione -dN para sempre manter o primeiro arquivo e excluir outros arquivos.
Quando tentei executar fdupes -rn / , demorei cerca de quatro horas, mas tenho um disco rígido com cerca de 1 TB de arquivos.
fdupes primeiro compara tamanhos de arquivo e somas de verificação MD5 e, se forem idênticas, ele executa comparações byte a byte. Colisões MD5 são possíveis, mas elas não ocorrem na prática, a menos que um arquivo seja criado para deliberadamente ter o mesmo MD5 digerir como outro arquivo (não-idêntico). Mesmo assim, fdupes também faz uma comparação byte a byte.