O mais provável é que algum processo esteja sequestrando a entrada do teclado.
Na minha experiência, esse processo, geralmente, é um keylogger mal escrito que não sabe como lidar com essas "chaves mortas".
Mas também pode ser algum software inocente que "monopoliza" o teclado para suas teclas de atalho globais, como o agente winamp.
Eu sugiro que você escaneie o PC em busca de malware e / ou tente fazer uma inicialização limpa sem usar aplicativos de inicialização automática de terceiros.