Ok, então acho que descobri isso.
Eu estava executando AdobePatchInstaller.exe --mode=silent
diretamente de cmd.exe
. Quando eu faria isso, receberia uma janela com o progresso e um botão final "OK", como mencionei acima.
No entanto, quando eu corri start /wait AdobePatchInstaller.exe --mode=silent
da linha de comando, como eu faria em um arquivo de lote, o patch parecia ser instalado silenciosamente sem falhas.
Não tenho certeza se entendi a diferença, mas funcionou bem da mesma forma.