Você pode criar duas instâncias diferentes de couchdb, alterar o número da porta para a segunda instância e depois replicar as instâncias.
Eu configurei duas instâncias do Couchdb na rede de domínio local por trás do firewall de maneira semelhante. Você também pode configurar regras de firewall para conexão de entrada para couchdb, permitindo acesso a endereço IP específico (se ambas as instâncias estiverem em máquinas diferentes).