Um registro mestre de inicialização (MBR) é um tipo especial de setor de inicialização no início de dispositivos de armazenamento em massa do computador particionado como discos fixos ou unidades removíveis.Você pode formatar partições usando utilitários diferentes como diskpart, gerenciador de parições no windows, mas você pode ter que usar utilitários especiais para reescrever ou remover código executável do seu MBR.
No seu caso, você conseguiu efetivamente formatar partições, mas como você não limpou seu MBR, no momento da inicialização, ele mostra um "Boot Mgr Missing".
Você não precisa se preocupar com este erro porque o MBR será reescrito automaticamente quando você instalar o novo sistema operacional.
Este artigo aqui fornecer insights para entender mais sobre o MBR e como repará-los.