A reinicialização é necessária porque Tomcat
armazenam em cache o keystore na inicialização e nunca o reexaminam até a próxima reinicialização. Isso significa que, mesmo se você alterar o keystore, ele não será lido por Tomcat
até que você o reinicie.
Até onde eu sei, você não pode evitar reinicializações ao atualizar o armazenamento de chaves, e isso é algo que você normalmente não deseja alterar "online" devido a riscos de segurança. Não sei por que seus aplicativos param de funcionar depois que você altera o arquivo, talvez ele se torne inconsistente de alguma forma e atrapalhe as coisas.
Talvez isso seja interessante: link