Você precisa usar -xr em vez de apenas -x para informar 7z de que os arquivos excluídos estão em um subdiretório. Você tomou -xr para a árvore git .
Se delayed expansion das variáveis de ambiente estiverem ativas no seu script, você precisará escapar do ! . Escreva ^^! em vez disso.
Exemplo:
7z a -r -ssw -mx9 -xr!"~$*" c:\target\xxx.7z c:\myfolder\*.*