1) "Por que isso?": ligue para a Microsoft e pergunte a eles. Não há como responder a isso.
2) Se a restauração do sistema não permitir isso, use um programa diferente. De preferência um onde você não precisa inicializar a partir de um disco rígido.
Clonezilla pode arrancar a partir de um CD ou pendrive USB e é gratuito. Existem também muitos outros porgramas que podem fazer isto, e. Acronis TrueImage , Symantec / Norton Ghost, ...
No seu caso específico:
- Faça um novo backup da unidade que você deseja manter.
- Restaurar as duas unidades usando a solução do Windows
- Restaurar a unidade que você queria manter do backup do CloneZilla.