Existe uma ferramenta chamada Y-PPA-Manager que permite fazer exatamente isso.
Para experimentar o Y-PPA-Manager, você precisa executar os seguintes comandos em um terminal:
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/y-ppa-manager
sudo apt-get update
sudo apt-get install y-ppa-manager
Após a instalação, execute o software e clique no botão 'Avançado'.
Depois de clicar nesse botão, você criaria uma janela semelhante à mostrada abaixo. Clique em 'Reativar PPAs de trabalho após a atualização do Ubuntu'.
Você será solicitado a fornecer sua senha. Digite sua senha e clique em OK. Depois disso, você teria uma caixa de diálogo assim:
Clique em OK e aguarde até que todos os PPAs sejam reativados. Quando todo o processo for concluído com sucesso, você será notificado.