U pode mudar o gateway padrão
sudo route add default gw <gateway ip>
encontre o gateway ip da conexão 3g de ifconfig
Isso faz com que todos os aplicativos usem a conexão 3G para conectar-se à Internet. Eu não acho que existe uma ferramenta no Linux que permite mapear aplicativos para interfaces de rede para se conectar à internet. Espero que haja uma recepção calorosa a essa ferramenta.