Os seguintes comandos devem fazer o que você está pedindo. Copie e salve-os em um arquivo .bat ou .cmd. Observe que qualquer nome de arquivo cercado por <> deve ser substituído pelos nomes de arquivo reais do seu sistema, não insira o < ou > no script, ou resultados indesejados acontecerão.
cscript.exe //nologo <vbsendkeys_script.vbs>
call <ftpget.bat>
copy <masterlog.log> + sendkey.log mastertemp.log
del <masterlog.log>
ren mastertemp.log <masterlog.log>
O cscript.exe é o host de script de linha de comando para windows. Ele irá executar o .vbs que você especificar e os resultados de saída (se houver) na linha de comando.
Call é usado para executar outro arquivo em lotes e, em seguida, retornar a execução ao arquivo em lote original (chamando). Sem usar call , os dois arquivos em lote terminariam após o segundo ser executado.
O restante dos comandos copia o sendkey.log para o final do registro principal e faz alguma renomeação e limpeza.