Esse problema não é específico para byobu
ou tmux
. Contanto que você tenha preferências pessoais de como as coisas devem funcionar, você terá que gerenciar seu próprio conjunto de dotfiles.
Existem muitas estratégias que as pessoas usam para fazer isso. Aqui estão alguns links / perguntas relacionados:
Há muito mais se você procurar por "controle de versão do diretório inicial" ou "controle de versão do dotfile".