Instale o Windows na partição que você reservou. O Windows instalará seu próprio gerenciador de inicialização e tudo bem. Duas maneiras de corrigir o bootloader incluem:
Easy BCD: Esta é uma ótima ferramenta para editar o menu de inicialização. Você não tem que pagar por isso (eu recomendaria doar embora ...) e funciona bem. Esta é uma opção preferível se você precisa obter um boot duplo trabalhando com o bootloader do Windows. Eu não tentei editar o GRUB com ele, mas acho que existe essa opção.
Boot-Repair: Inicialize seu sistema com um disco de instalação e escolha a opção Try Ubuntu. Adicione o repositório, instale o boot-repair e ele lhe dará algumas opções poderosas para modificar o GRUB. instruções de boot-repair podem ser encontradas aqui: boot-repair
Eu recomendaria a rota Easy BCD. Eu tive mais sucesso com isso e é bem simples de descobrir. É tudo o que tenho, boa sorte e diversão: D