Eu não tenho esses programas instalados, por isso não posso testar isso, mas acho que você pode aproveitar alguns dos comandos internos do Windows. O exemplo incluído abaixo usa o comando FORFILES . Espero que isso ajude ou pelo menos leve você na direção certa, caso contrário, podemos resolver isso.
FORFILES /p "YOURPATHHERE" /m *.* /c "cmd /c if C:\Program Files (x86)\PDFCreator>PDFCreator.exe /NOSTART /PF @file"