Você afirma:
I also no longer have disks for some of my programs, so I need to reinstall important programs from backup
Se você não tiver mais discos para alguns de seus programas, terá apenas duas opções.
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Crie uma nova conta de usuário e migre seus dados usando o assistente de migração de dados. Embora não seja tão confiável para limpar lixo como um formato, criar uma nova conta de usuário pode aliviar alguns problemas funky.
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Se você tiver o Mountain Lion, segure o CMD + R durante a reinicialização e selecione "Reinstalar o Mac OS X". Após a instalação, restaure os dados do backup da máquina do tempo. Seus programas ainda devem estar lá, mas o sistema operacional será como novo.