Se você não se importa de reinstalar o Windows, faça isso. Purgue as duas unidades e instale-a no SSD.
Se já houver dados na partição do sistema que você deseja manter, você pode tentar diminuir o tamanho da partição do sistema para ajustar-se ao SSD, inicializar a partir de um Linux ao vivo e copiar a partição do sistema do HDD para SSD usando o comando linux dd.
Na reinicialização, pressione F12 (ou qualquer que seja a sua chave do menu de inicialização) e escolha o SSD como dispositivo de inicialização.