Não tenho certeza se essa é a resposta que você está procurando, mas sinceramente meu melhor conselho nesses tipos de situações é fazer backup de todos os dados críticos (documentos, fotos, vídeos, músicas, etc.) para um unidade ou local separado, apague o HD e reinstale uma cópia nova do SO, copie os dados de volta e reinstale os programas. Pode soar como um monte de trabalho, mas na maioria das vezes eu me passo menos tempo nessa rota e acabo com uma instalação completamente limpa e rápida, em vez de gastar muito tempo "limpando" o sistema operacional problemático e terminando com um sistema operacional ainda um pouco lento / desajeitado.
Além disso, se os problemas de malware não parecerem graves, você poderá sempre tentar uma restauração rápida do sistema para um ponto de restauração de trabalho conhecido, caso tenha um. Eu realmente tive sucesso com este método algumas vezes e é bom e rápido. Mais informações aqui: link