Embora não possa excluir que seu computador tenha detectado algum malware, duvido muito que seus problemas sejam causados por um vírus. Ou você tem outras provas, provavelmente arquivos suspeitos? (Na verdade, a maioria dos malwares tenta agir discretamente e não alarma você com muita atividade.)
Você deve primeiro tentar descobrir qual processo está sendo violado em seu sistema, por exemplo, executando top em uma janela de terminal. Ele deve mostrar os processos que causam mais carga de CPU no topo. Sua unidade do sistema provavelmente está sendo preenchida com dados de log desse processo frenético. Você deve olhar para lugares típicos para isso:
ls -l $HOME/.xsession-errors
e
ls -lSr /var/log/
são candidatos a arquivos de log crescentes e podem fornecer algumas dicas. ( -lSr significa: 'na listagem, classifique por' S'ize ',' r'verse order, o que significa que você obtém uma lista longa de todos os arquivos em /var/log/ com os maiores listados por último.)
O próximo passo seria descobrir o que causou esse processo a se comportar mal. Mas isso depende do processo. Só se isso não funcionar, eu pensaria em reinstalar.