Que tal verificar logs do eclipse ?. Eu tive um problema semelhante com o próprio IDE, uma tentativa de abrir o menu de contexto no explorador de projetos estava congelando todo o desktop Ubuntu 11.10 (o albait parecia retomar em poucos minutos por conta própria).
Com base nos logs do eclipse, a fonte provável do problema era um bug conhecido que afeta o SWT sobre o GTK - veja link . Para mim, parece que executar o eclipse em cima do JDK 6 em vez do JDK 7 é um remédio temporário, já que o problema não se manifestou desde então.