Resposta curta, não
Porque, como você percebeu, nem todos os aplicativos respeitam / usam o tema do sistema. Isso não é apenas sobre cores: outros aspectos de temas, como decoradores de janelas, não são usados por todos os aplicativos.
Por exemplo, use o Chromium Browser, a versão gratuita do Chome. Observe como as bordas da janela e a barra de título são completamente diferentes de outros aplicativos. O Chromium usa seus próprios widgets personalizados para sua interface do usuário e ignora completamente o tema do sistema.
Então, talvez você esteja passando por um problema semelhante com seus aplicativos. E infelizmente você não pode evitar o id. Mas você pode preencher um relatório de bug pedindo aos desenvolvedores que tentem seguir o tema do sistema, se possível.