Eu experimentei um problema semelhante com os drivers Intel GM45. Tudo parecia estar bem após o login, mas assim que eu pressionei a "tecla super / windows" ou iniciar qualquer aplicativo, a tela mudou para o modo "espelho". Configurá-lo nas configurações do sistema ou usando xrandr para minha configuração desejada fez tudo bem. Parece que após o login, as capacidades da placa gráfica / monitor mudam. Eu não sei exatamente a causa, mas pode ter algo a ver com as "ferramentas samsung" que eu uso. De qualquer forma, deixando o script
sleep 10
xrandr --output LVDS1 --auto --primary
xrandr --output VGA1 --auto --above LVDS1
executado na inicialização fez tudo bem