Você diz "acrescente o texto <?php
", mas acho que você quer dizer "preceder".
Talvez eu tenha entendido mal a questão, mas isso deve resolver seu problema:
for FileName in * ; do (echo "<?php" ; cat $FileName) > corrected_$FileName ;done
Isso criará vários arquivos com os mesmos nomes, exceto o prefixo 'corrigido_'. Se você quiser alterar os arquivos, pode fazer isso:
for FileName in * ; do (echo "<?php" ; cat $FileName) > /tmp/corrected ; mv -f /tmp/corrected $FileName ;done
... mas tenha certeza de que é isso que você quer.