dnsmasq
não pode fazer isso sozinho, mas você poderia em teoria configurar uma regra iptables
de saída no próprio sistema operacional que interceptará todas as consultas DNS de saída e as redirecionará para em outro lugar.
Eu não recomendaria isso, no entanto. Depende do problema que você está tentando resolver. Brincar com consultas DNS provavelmente causará dor a longo prazo.