Você deve referenciar seu arquivo executável no arquivo /etc/rc.local
(ou adicionar um serviço de inicialização do sistema /etc/rc2.d
: o Pi inicia o runlevel 2).
Lá, você coloca uma invocação normal de java
com caminho completo (por exemplo, /usr/local/bin/java ...
ou /usr/bin/java ...
).
Se você deseja que a saída seja registrada em um arquivo, aproveite a função syslog
ou redirecione a saída para um arquivo de log (ou dois arquivos de log separados, um para log stdout, um para log de erros), ou seja
/path/to/java -JAVA_OPTIONS your.class >> /var/log/logfile.log 2>> /var/log/logfile.err
Na primeira vez, execute o comando na linha de comando para verificar se está funcionando corretamente.