A única maneira de fazer isso é o AFAIK para executar sua VPN e os programas que você deseja encapsular dentro de uma VM. Embora tenha pouca sobrecarga, é uma maneira fácil de configurar e você tem 100% de garantia de que apenas os programas dentro da VM são encapsulados, já que a VM usa uma conexão de rede completamente separada do host. Basta baixar um dos seguintes freewares:
Oracle VirtualBox
VMWare Player
Windows Virtual PC