O avconv não suporta a concatenação (ainda assim, os patches são bem-vindos). As maneiras de contornar isso são, por exemplo,
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use o mplayer (2) com
-vo yuv4mpegpara decodificar seus dois vídeos em um pipe, faça uma avconv ler desse canal. -
codifique os dois vídeos separadamente, depois use o mkvmerge para mesclá-los.