O avconv não suporta a concatenação (ainda assim, os patches são bem-vindos). As maneiras de contornar isso são, por exemplo,
-
use o mplayer (2) com
-vo yuv4mpeg
para decodificar seus dois vídeos em um pipe, faça uma avconv ler desse canal. -
codifique os dois vídeos separadamente, depois use o mkvmerge para mesclá-los.