Esta solução usa sua regex e uma função de um plug-in, compactada em uma macro para automação.
1) Obtenha o plugin "TextFX Characters". (Plugins- > Gerenciador de plug-ins)
2) Inicie a gravação da sua macro (Macro- > Iniciar gravação)
3) Use seu regex existente para substituir os timestamps por um período, você fica com isso:
. Go to lunch
. Go to parkinglot
. Wait for flight to arrive
..
4) Selecione todo o seu texto (ctrl-a)
5) Inserir números de linha (TextFX- > Ferramentas TextFX- > Inserir números de linha)
00000001 . Go to lunch
00000002 . Go to parkinglot
00000003 . Wait for flight to arrive
00000004 ..
6) Remova zeros e desloque o período com regex - > Encontre o que: "0 + (\ d)." Substitua por: "\ 1".
1. Go to lunch
2. Go to parkinglot
3. Wait for flight to arrive
..
7) Parar de gravar a macro (Macro- > Parar Gravação)