Poderia ser qualquer coisa de CSS no site (usando, por exemplo, position: absolute; ou float: left; de formas inadequadas), pelo navegador interpretando isso diferentemente do padrão CSS, para o driver de vídeo não atualizar os pixels corretamente ( acontece no meu Ubuntu com drivers de código aberto AMD Radeon quando rolando às vezes), para qualquer lugar entre os dois.
Não há muito a ser feito a partir da pergunta, mas você pode, por exemplo, tentar usar o mouse e o teclado para rolar para cima e para baixo. Se você vir resultados diferentes (normalmente eu faço entre tentativas), provavelmente é o seu driver gráfico. Se você recarregar a página algumas vezes e ela aparecer apenas uma vez a cada poucas recargas, pode ser, por exemplo, um proxy ou um servidor CDN com CSS antigo. Se você quiser depurar este caso, poderá salvar a página inteira em ambos os casos e usar diff ou meld para ver a diferença.