Eu tenho dois palpites. Primeiro, pode ser que o Compiz (o programa responsável pelos efeitos gráficos) não esteja atualizando a área onde a animação ocorreu após o último quadro. Eu tenho isso acontecendo o tempo todo no meu desktop. O que eu faço para me livrar dele é mover o cubo um pouco (a maioria dos efeitos gráficos que usam toda a tela deve funcionar).
Para testar isso, você poderia fazer o login usando a interface clássica do Ubuntu e, em seguida, executar metacity --replace
. Se isso não acontecer mais, pode ser isso.
Outra coisa que poderia ser seria um bug arrastar e soltar. Nesse caso, talvez você não consiga clicar em nada atrás da área cinza. Infelizmente, não tenho certeza do que você poderia fazer sobre isso, além de ver se é possível reproduzi-lo e relatá-lo.