Se eu entendi sua pergunta corretamente, há algumas opções ...
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defina o local do arquivo de identidade padrão da mesma forma que é feito para o SSH, conforme explicado aqui ... link
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ou alias seu comando
scp
para incluir o modificador como ...alias scp='scp -i /path/of/keyfile'
Ambos devem funcionar, mas eu recomendo a opção 1 sobre a opção 2. É a maneira mais correta de fazê-lo.