Tente executar estes comandos:
$ synclient TapButton2=0
$ synclient TapButton3=0
$ synclient ClickFinger2=0
$ synclient ClickFinger3=0
$ synclient HorizTwoFingerScroll=0
$ synclient VertTwoFingerScroll=0
Você tem o mesmo problema com 3 dedos? Qual driver você está usando?