Então o seu servidor tem 2 IPs? E o que você quer dizer com o seguinte:
how can I assign the first domain to the second one
Você pode simplesmente redirecionar todas as solicitações feitas no primeiro domínio para o segundo.
Ou você pode fazer isso no nível do DNS definindo um registro DNS da seguinte forma:
----------------------------------
| Type | Host | Value |
----------------------------------
| CNAME | md.com | mydomain.com |
----------------------------------
Ou use o mesmo IP em ambos ...
Por favor, diga mais alguns detalhes sobre o que você quer fazer.