Se você usasse apenas o instalador gráfico do Kali Linux, talvez pudesse tentar instalar o GRUB manualmente com:
grub-install /dev/sdX
grub-mkconfig /boot/grub/grub.cfg
Se o GRUB não estiver funcionando, você ainda pode adicionar o Kali Linux ao menu de inicialização do Windows com o programa EasyBCD . Como fazer isso é explicado em Dual -boot Windows 7 e Kali Linux no passo número 3.