Você pode sair manualmente (interromper) o CHKDSK pressionando CTRL + C enquanto está em execução. Também há essa configuração no registro, que permite que você desligue completamente o autocheck para uma determinada unidade:
Gerenciador de HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Control \ Session
No painel da direita, clique duas vezes em BootExecute. O valor padrão da chave é
** autocheck autochk *****
Apenas adicione / K: C no final antes de *. A opção / K desabilitará a verificação automática na unidade C: na inicialização do Windows. Então, o valor final deve ser assim:
** autocheck autochk / k: C *****