As placas-mãe recentes da Intel (i7-920, i7-2600K) que utilizei desabilitam automaticamente as saídas gráficas onboard quando uma GPU dedicada é conectada ao sistema. Eu fui capaz de reativá-lo, definindo a opção de BIOS iGPU Multimonitor
to Enabled
; caso contrário, o chip gráfico integrado nem apareceria no gerenciador de hardware do sistema.
Na minha experiência, execute os dois displays de um único cartão, se puder. Praticamente qualquer cartão discreto que valha a pena gastar em dinheiro suportará pelo menos dois monitores independentes, e isso pode lhe poupar muitas dores de cabeça com o vídeo acelerado por hardware.